증권결제원에 계좌를 설정한 계좌설정자간에 위탁유가증권의 범위내에서 그 유가증권의 수수에 갈음하여 전표로 계좌간 대체하는 업무를 말한다. 계좌대체는 수도결제에 따른 계좌대체와 기타의 사유로 인한 계좌대체로 구분되는데 계좌대체를 하고자 할 때에는 유가증권 계좌대체 청구서를 증권결제원에 제출해야 하는데 다만 매매거래의 수도결제를 위한 계좌대체를 행하고자 할 때에는 수도결제시한까지 수도증권수불표에 날인하여 제출하므로써 이에 갈음할 수 있다. 예탁유가증권을 계좌대체하는 경우의 효력발생시기는 타계좌설정자의 계좌에 그 유가증권의 수량을 기입한 때로 이는 곧 공유지분이 이전되는 시점이다.