주택용, 상업용 등의 부동산을 담보로 하는 대출채권을 증권화한 것이다. 1970년대 미국 정부금고(GNMA)의 모기지를 근거로 발행된 원리금자동이체 (pass-through)증권이 시초이다. 그 이후 연방주택국, 연방수탁금융저당금고, 연방주책정금고 등이 잇달아 부동산 담보대출채권(모기지)을 증권화함으로써 모기지 증권시장은 매국채 시장과 더불어 중요한 시장이 되었다. 발행형태는 증서발행의 근거가 되는 저당권에 대한 직접소유권이 부가된 원리금 자동이체증권, 자금을 빌려주는 사람이 모기지를 담보로 발행하는 중간에 위치하는 원리금이체(pay-through)증권이 있다. 최근에는 원리금이체증권의 일종으로 원금과 이자를 분리한 분리형 모기지 증권도 증가하고 있다. 모기지 증권은 원래 만기일 이전에 상환되는 것이 있게 마련이고 이런 기한 전 상황권리를 모기지의 차입자가 가지고 있는 형태로 되어 있다. 이것은 옵션으로 보면 기한 전 상환 옵션의 매도를 포함하고 있는 것으로 볼 수 있다. 금리가 하락하면 주택대출의 만기 전 상환이 늘기 때문에 모기지 증권의 원리상환이 진행된다. 이 경우 원금만을 수취하는 구조로 되어 있는 PO(prinvipal only) 증권은 수입이 늘어나게 되고 원금이 줄어드는 만큼 IO(interest only) 증권은 수입이 줄게 된다. 헤지 천드의 하나인 아스킨 캐피털 매니지먼트는 이런 모기지 증권에 거액을 투자해서 크게 실패했다. 상품내용이 복잡해짐에 따라 리스크 관리도 한층 어려워지고 있다. 일본에서는 금융 시스템의 건전성을 회복하기 위한 노력으로 부실채권의 해결이 최대 과제가 되고 있다. 미국에서는 부실채권 처리방법의 하나로 모기지 증권이 이용되고 있기 때문에 일본에서도 부동산 담보채권의 증권화, 부동산 자체의 증권화가 필수불가결하다는 지적이 많다. 다만 일본에서는 미국과 같이 높은 리스크를 부담하는 투자가층이 없는데다가 채무자들이 자신이 알지도 못하는 사이에 자신의 채무가 매매된다는 데 대한 저항감이 커 문제로 지적된다. 또 부동산 가격이 부동산의 이용가치와는 무관하게 결정되기 때문에 부동산으로부터 발생하는 현금흐름을 확정하기 어려운 면도 있다. 이 때문에 미국과 같이 확고한 모기지 시장이 성립하기까지는 상당한 기간이 걸릴 것으로 보인다.