1994년 1월 국채 발행 및 상환의 효율적인 관리를 목적으로 설치된 기금이다. 국채관리기금은 자금수요기관마다 각각 발행하던 국채를 국채관리기금에서 통합·발행하고 동 발행자금을 자금수요회계 및 기금에 예탁하는 업무를 수행하고 있다. 한편 정부는 유사정부기금을 통합하여 기금제도를 개선하고자 국채관리기금을 재정경제부가 운용·관리하고 있는 공공자금관리기금에 통합할 계획이다.